Управление школой в соответствии со ст.26 Федерального закона от 29 декабря 2012 года №273-ФЗ "Об образовании в Российской Федерации", приказом Министерства иностранных дел Российской Федерации от 19 ноября 2013 г. N 21428 г. Москва "Об утверждении Порядка организации и осуществления образовательной деятельности по основным и дополнительным общеобразовательным программам в дипломатических представительствах и консульских учреждениях Российской Федерации, представительствах Российской Федерации при международных (межгосударственных, межправительственных) организациях" и Положением о специализированном структурном образовательном подразделении Посольства России на Мадагаскаре  - основной общеобразовательной школе при Посольстве России на Мадагаскаре строится на принципах единоначалия и самоуправления.

Общее руководство Школой осуществляется руководителем загранучреждения, в структуру которого она входит.

Текущее руководство основной общеобразовательной школой  при Посольстве России на Мадагаскаре осуществляет директор, который подчинен и подотчётен руководителю Загранучреждения и МИД России.

В учреждении формируется коллегиальный орган управления:

- Педагогический Совет. В состав Педагогического совета входят: директор общеобразовательного учреждения (председатель),  педагогические работники.

  Информация о ходе и результатах образовательного процесса, вопросы организации и проведения общешкольных мероприятий, охраны жизни и здоровья обучающихся, а также другие вопросы, требующие участия родителей (законных представителей) рассматриваются на общешкольных родительских собраниях.

  На общешкольном родительском собрании избирается постоянно действующий родительский комитет, осуществляющий свою деятельность на общественных началах и по согласованию с директором.

  Более подробно с компетенциями коллегиальных органов управления можно познакомиться в Положении о специализированном структурном образовательном подразделении Посольства России на Мадагаскаре-основной общеобразовательной школе при Посольстве России На Мадагаскаре (раздел "Документы")

Структурных подразделений нет.